Varian Medical Systems, Inc. fu fondata (come Varian Associates) alla fine degli anni '40 da un gruppo di scienziati in collaborazione con l'Università di Stanford. Tra i fondatori dell'azienda ricordiamo i fratelli Russell e Sigurd Varian, inventori del tubo klystron, un amplificatore ad alta frequenza per la generazione di microonde, che divenne un componente essenziale del moderno acceleratore lineare. Negli anni '50 e '60 Varian Associates inventò e commercializzò diverse tecnologie, tra cui i tubi per raggi X e gli acceleratori lineari. Alla fine degli anni '60, l'azienda sviluppò l'acceleratore lineare medicale per la terapia radiante. Alla fine, gli acceleratori lineari soppiantarono il cobalto come metodo per la terapia radiante. Da allora, più di 5.200 acceleratori lineari Varian Medical Systems sono stati installati presso ospedali e cliniche di tutto il mondo.
All'inizio del 1999, Varian Associates cambiò nome in Varian Medical Systems dopo aver separato le sue attività nel campo delle apparecchiature di produzione dei semiconduttori da quelle per gli strumenti scientifici. Oggi Varian Medical Systems è il produttore leader mondiale di sistemi integrati per il trattamento del cancro con radioterapia, radiochirurgia, terapia protonica e brachiterapia. L'azienda ora produce anche sistemi software leader nel settore per la pianificazione del trattamento con terapia radiante comee pure software informatici per la gestione di cliniche oncologiche, centri di radioterapia e strutture mediche oncologiche. Varian è uno dei principali fornitori di tubi e detettori digitali imaging radiologico per applicazioni mediche, scientifiche e industriali ed anche di prodotti per imaging radiologico per ispezioni industriali e dei cargo.
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